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栋回京后，师徒二人坐在一起，花了五个多月的时间，才最终敲定。
新的政改方案，首先改变的是中央政府的部门设置。
皇帝之下，是内阁、枢密院、都察院、最高法院。四个部门分别掌管行政、军事、监察、司法。
内阁负责人由某殿大学士、首辅什么的统一改称为首相，首相有两个副手，称副相。首相的权力极大，在民政这一块，文官五品以下的任免，单笔财政支出在100万银元以下者，首相主持召开内阁会议就可以单独决定，不必再票拟送司礼监批红——自朱元璋废除丞相制度，大学士只是顾问和参谋的状况，到了这里得到了改变。大明的文臣们再一次有了像唐宋的丞相们那般，在一些具体事务上有了独断的权力。
这当然是朱由栋在立宪方面得罪了文臣后，拿出来安抚文臣的措施之一。当然，做皇帝这么多年，他也深切的感受到：哲学里的重点论是真理，什么都要管什么都要抓是可以的，但这么做很可能是什么都做不好。适当的放出去一些权力，抓住更重点的东西，才符合取舍之道。
首相与副相之下，是各部尚书。但是现在，大明彻底废除了三省六部制，而是改为了带有浓厚穿越者风格的近代政府制度。
吏部拆分为人事部、劳动部。前者掌官员考核升迁任免，后者主要负责社会保障。
户部拆分为财政部、税务总局、农业部、工商总局、商务部、审计总署。
礼部拆分为教育部、外务部，专门负责接待外宾的鸿胪寺并入外务部。部分礼部人员与太常寺、光禄寺合并，成立新的礼仪总局，负责国家内部各项典礼的安排筹备工作。
兵部拆分为国防部、兵役总局。以前专掌全国马政的太仆寺合并入国防部。
刑部拆分为公安部、司法部，部分人员与大理寺合并，成立最高法院。
工部拆分为建设部、重工业部、轻工业部。
以方山科学院为基础，合并钦天监，新成立科技部。
以方山科学院医学实验室为首，合并太医院，成立卫生部。
詹事府、国子监、翰林院三个机构合并，成立大明政治学院：从此之后，这里就是大明的官员继续提高的地方。
以张世泽的既有班底为基础，新成立宣传部，专掌文化宣传。全国的报纸、剧团、说书人甚至秦楼楚馆的职业女性们全都划入了宣传部管辖范围。除此之外，将逐步的允许民间资本进入传媒业。
大明皇家银行继续保留，但存款贷款的职能要逐步减弱。国家准备再成立三至五家官方银行，并逐步开放民间资本成立私人银行。
通政司保留原名，但其职责转变为内阁的办公厅。
都察院保留原名，但其职责已经彻底转变：风闻言事被禁止，纠察官员道德问题被置于极靠后的位置。现在的都察院，获得了独立的经费，独立的调查权，其工作职能主要在于监察百官的履职和经济问题，另外还承担政府公诉职责。
锦衣卫保留原名，诏狱继续保留。不过作为国家情报机关，虽说他仍然保留了一定独立的司法权，但这种权力，更多是针对被认为可能是间谍的相关人员的审讯。对于官员的一般审讯，只能走法院。
废除尚宝丞，其掌管、制作印玺的职责，转入内廷。
内阁首相、枢密使、最高法院首席法官、都察院左都御史四人，是大明大臣的顶端，俱为正一品。
副相、枢密副使。次席法官和右都御史为从一品。
新成立的各部尚书、总局局长，政治学院院长，锦衣卫指挥使，皇家银行行长等，均为正二品。
按照朱由栋的旨意，在中央政府各部门完成重整后，大明境内的各省、区，以及省下面的州府，除外交、国防、民族事务、干部培训、国家情报等部门外，其他的，均要按照中央政府新部门的设置，在地方政府里设置相应的部门。
至于县级政府，限于这个时代的社会发展水平，倒是暂时不用把相应的部门全都也跟着设置齐全。但是县衙里也要设置相应人员来对接上级政府各厅局的工作。
在这一整套政府架构设置完成后。朱由栋又下了一道圣旨：新机构设置完成后，逐步废除吏、役，改以全面公务员制度。从天启十三年开始，国家不再有所谓的科举，而改以中央政府公务员考试和地方公务员考试！